Lois rettet Clark das Leben, indem sie Zods kryptonischen Dolch (blaues Kryptonit) aus seinem Körper zieht. Ehe Clark wieder zu Bewusstsein kommt, versteckt sie sich jedoch.
Derweil wacht Tess in einem Labor auf, in dem sie auf einen jungen Klon von Lex trifft, den sie aufziehen und dessen Existenz sie geheim halten will. Der Klon nähert sich viel schneller dem Erwachsenenalter an, als ein normaler Mensch und wird dabei dem echten Lex nicht nur ähnlicher, sondern erhält auch seine Erinnerungen.
Jor-El erklärt Clark in der Festung der Einsamkeit, dass mit Darkseid eine dunkle Bedrohung die Erde heimsucht, die Clarks Kräfte für das Böse missbrauchen will und er deswegen seiner Bestimmung noch nicht gewachsen ist. Nachdem Clark erneut mehrmals erfolglos versucht hat zu fliegen, fliegt er beim Tanzen mit Lois zum ersten Mal aus eigener Kraft, ohne es selbst zu merken. Als Clark noch glaubt, Lois wisse nichts von seinem Geheimnis, erzählt er ihr aus freien Stücken, dass er der Fleck sei. Kurz darauf nimmt Lois Clarks Heiratsantrag an.
Weil Tess erkannt hat, dass der Klon von Lex dem echten Lex immer ähnlicher wird, will sie den neuen Lex sterben lassen, statt ihn gegen eine Krankheit behandeln zu lassen. Diese Meinung ändert sie auch nicht, als sie erfährt, dass sie die uneheliche Tochter von Lionel ist und damit die Halbschwester von Lex. Durch eine kryptonische Box tauscht Clark die Plätze mit seinem bösen Pendant aus einem Paralleluniversum. Bei seiner Rückkehr kann ihm das lebende Pendant des eigentlich verstorbenen Lionel folgen. Nachdem Lionel versucht hat, den Klon von Lex auf seine Seite zu ziehen, versucht Tess erfolglos den Klon ihres Halbbruders zu töten.
Weil Clark als Blur immer häufiger mit seinen Kräften in Erscheinung tritt, droht seine geheime Identität aufzufliegen. Als Lois ihn bittet, sich zu maskieren, entschließt Clark sich nicht als Held eine Maske aufzusetzen, sondern als Clark eine Brille zu tragen und sich in seinem Leben als Reporter weniger selbstbewusst zu verhalten.
Tess findet heraus, dass sie den Klon von Lex nicht töten konnte, weil er zur Hälfte die DNS von Clark enthält. Obwohl Lionel mit rotem Kryptonit erneut versucht, den Klon von Lex und Clark auf seine Seite zu ziehen, gelingt es Clark dies zu verhindern. Clark meldet den Klon unter dem Namen Connor Kent (Cognitional Neuroplastic Replicant/CNR, sprich „Connor“) an der High School, die er selbst besucht hatte, an.
Auf ihrer Hochzeit geben sich Lois und Clark das Ja-Wort. Oliver, der Trauzeuge ist, tauscht weil Darkseid von ihm Besitz ergriffen hat Clarks Trauring gegen einen Ring aus goldenem Kryptonit aus. Olivers Ehefrau Chloe kann jedoch im letzten Moment verhindern, dass Clark den Ring berührt und seine Kräfte verliert. Bei einem Kampf zwischen Clark und Oliver, durch den die Hochzeit unterbrochen wird, kann Clark Oliver von Darkseid befreien.
Lionel lässt zur selben Zeit Tess entführen. Er erzählt Tess, dass es Lex gelungen sei alle seine Organe zu klonen. Der Kopie von Lex fehlt nur ein Herz um zu leben. Nachdem Lionel Tess erzählt hat, dass er Lex ihr Herz einpflanzen wolle, tötet Tess ihren Vater. Der sterbende Lionel gibt Darkseid seine Seele im Austausch dafür, dass er Lex zum Leben erweckt. Darkseid erfüllt seinen Teil der Abmachung, indem er der Kopie von Lex das Herz von Lionel einpflanzt.
Derweil erfährt Clark, dass Darkseid eine Apokalypse herbeiführen will, indem er einen anderen Planeten auf die Erde stürzen lässt. Ihm erscheint der Geist seines Adoptivvaters Jonathan, der Clark erklärt, dass er bereit sei, seine Bestimmung zu erfüllen. Als sich Clark darauf auf die Suche nach Tess macht, trifft er auf Lex, der sich an alles erinnern kann. Lex erzählt ihm, dass Clark der Auserwählte sei und der einzige, der die Apokalypse verhindern könne. Darauf sagt Clark, dass es ihm leid tue, dass er Lex nicht davor bewahren konnte, dem Bösen zu verfallen.
Clark trifft in der Scheune der Kent-Farm auf Darkseid, der in der Gestalt des seelenlosen Lionel auftritt. Als er von Darkseid durch die Luft geschleudert wird, stoppt er diese Schleuderbewegung und schwebt bewusst aus eigner Kraft in der Luft. Mithilfe seiner neu erkannten Flugfähigkeiten bezwingt Clark Darkseid und geht zu seinem Vater Jor-El in die Festung der Einsamkeit. Dort erhält Clark das Superman-Kostüm. Lois hat sich derweil in die Air Force One geschlichen um den Präsidenten vor der Apokalypse zu warnen. Als das Flugzeug droht abzustürzen bringt Superman alias Clark die Air Force One wieder in eine stabile Lage. Danach gelingt es dem „Mann aus Stahl“ auch den Himmelskörper kurz vor seinem Aufprall auf die Erde aufzuhalten.
Zur selben Zeit trifft Tess auf ihren Halbbruder Lex. Lex tötet Tess mit einem Dolch und sagt ihr, dass er sie davor bewahren will, so zu werden wie er. Die sterbende Tess sagt Lex, dass sie von Clark bereits davor bewahrt wurde und schmiert ihrem Halbbruder eine Chemikalie ins Gesicht, durch die er seine Erinnerungen verliert.
Die letzte Szene des Serienfinales spielt sieben Jahre in der Zukunft. Die aus den Comics bekannte Daily Planet-Szenerie zeigt sich, inklusive eines cholerischen Perry White und Nachrichten, die Lex als frisch gewählten Präsidenten der Vereinigten Staaten zeigen. Clark zeigt Lois zwei Trauringe. Auf die Frage von Lois, ob er bereit für ihre Hochzeit sei, erklärt er, dass er seit sieben Jahren bereit sei. Darauf ruft jemand, dass in Metropolis eine Bombe gefunden worden sei. Clark sagt Lois, dass er ein paar Minuten später komme und enthüllt musikalisch unterlegt von der Superman-Hymne aus den Kinofilmen das Superman-Kostüm unter seinem Anzug.
Textquelle: http://de.wikipedia.org/wiki/Smallville